Pode-se dizer que o Rio Chagres originou a ideia do Canal, pois no tempo da conquista espanhola suas águas navegáveis faziam parte do Caminho de Cruzes, que atravessava o istmo ligando o Caribe com o Pacífico. Este poderoso rio descoberto por Cristóvão Colombo corre ao longo de bosques tropicais espessos e em suas águas há abundância de peixes, lontras e lagartos. No curso médio do rio, nos arredores do Lago Alajuela, existem comunidades indígenas Emberá que oferecem ao visitante a oportunidade de ter contato com a vida dos nativos, enquanto desfrutam da assombrosa paisagem selvagem que cobre a margem do rio. Nestes locais, há abundância de fauna característica da selva, principalmente aves, macacos, onças, antas e serpentes.

O Canal do Panamá é o local mais visitado do país. O turista dispõe de diversas formas para se aproximar deste prodígio da engenharia, mas provavelmente o Centro de Visitantes das comportas de Miraflores é o mais utilizado. No local há uma cômoda arquibancada da qual se observa bem de perto toda a operação do Canal, desde quando o barco se aproxima do oceano e entra nas comportas para iniciar a travessia. O lugar conta também com um museu que mostra a história do Canal e seu funcionamento, uma sala de vídeo, uma maquete do Canal, peças históricas da maquinaria utilizadas na construção da via aquática, além de um restaurante no terraço do edifício.

Outra forma de conhecer o Canal bem de perto é fazer a travessia em alguns dos mini cruzeiros que oferecem esta oportunidade única, enquanto se ouvem palestras sobre a história e funcionamento da importante via marítima. O viajante pode optar por uma viagem através de um ou dois conjuntos de comportas, ou fazer o trajeto completo de um a outro mar, com a possibilidade de pernoitar nas águas do Canal, perto do rio Chagres. Durante esta jornada reveladora, o viajante transita bem perto dos gigantescos e centenários muros de concreto e das monumentais portas de aço que abrem e fecham as comportas, enquanto vivem a experiência em sua real dimensão.

Toda a operação do Canal do Panamá está sustentada pelas reservas de água de sua bacia hidrográfica, à qual contribuem numerosos rios. Para manter essas fontes fluviais, a via aquática está situada dentro de uma zona selvagem protegida de 16 quilômetros de largura, que corre ao longo dos 80 quilômetros de extensão da extremidade dos canais. Há vários locais nesta região onde se pode observar a abundante biodiversidade da floresta tropical chuvosa, entre elas o Parque Nacional Soberanía, o Caminho do Oleoducto, o Jardim Botânico Summit, a ilha de Barro Colorado, O Caminho El Charco, a trilha do Caminho das Cruzes, O caminho da Laguna e o Parque Nacional Chagres.